如何计算kaks值和4dtv值
1. 前期准备
不同物种的蛋白和cds序列：
os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds
依赖程序：
blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_Calculator注：所依赖程序需提前安装好，并添加到环境变量中
所用脚本：
axt2one-line.
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如何轻松构建物种系统发育树
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Comparative genomics
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Species tree
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在常规的基因组分析中，当我们对某一物种的基因组进行从头组装与注释获得其的基本信息后，通常会想知道该物种与一些其他近源物种之间的进化关系，此时就需要构建不同物种之间的系统发育树以探究该物种的进化地位。
我们这里将以不同物种之间保守的单拷贝核基因为基础，分别运用串联法(Concatenation)（
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如何轻松绘制基因表达聚类趋势图
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R
,
Visualization
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12345678# 清除当前环境中的变量rm(list=ls())# 设置工作路径setwd("C:/Users/Dell/Desktop/")# 加载所需的R包library(ggplot2)library(pheatmap)library(reshape2)
1234# 读取测试数据dat
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